Berawal dari krisis pembangkit listrik tenaga nuklir di Tokyo membawa bencana pada tahun 2016 yang kemudian membuat tercemarnya pancaran radiasi yang sangat berbahaya.

20 tahun kemudian kota itu menjadi kota hantu yang tak berpenghuni lagi karena radiasi yang sangat tinggi dan akhirnya kota tersebut ditutup. Tapi suatu hari mereka menerima sinyal SOS dari dalam kota itu. Oleh karenanya pemerintah jepang mengirim pasukan khusus guna mencari tahu asal sinyal tersebut.

Mereka mengirim 3 gadis yakni Ibara Naruse, Aoi Fukasaku, dan Taeko Nomura. ketiga gadis tersebut bukanlah manusia biasa. Mereka merupakan makhluk yang telah direkayasa DNA dan Genetikanya, hal tersebutlah yang membuat mereka kebal dari pancaran radioaktif.

Gadis-gadis tersebut diutus untuk masuk dan menjelajah Tokyo dan menyelamatkan orang yang telah mengirim sinyal tersebut. Dari sinilah cerita dimulai.