My Roommate is a Cat bercerita tentang Subaru Mikazuki yang merupakan seorang novelis yang memiliki sifat pemalu & pandangan berbeda terhadap kehidupannya. Ia hanya menyukai buku-buku dan menganggap orang lain sebagai pengganggu akan kreatifitasnya. Sejak meninggalnya orang tua Subaru, ia menjalani hidupnya sendiri.

Suatu hari, saat mengunjungi makam orang tuanya, ia bertemu dengan seekor kucing dan memutuskan untuk memelihara kucing tersebut dengan alasan untuk mencari inspirasi darinya. Kucing tersebut diberi nama Haru. Beberapa kali saat bermain bersama kucingnya, Subaru seringkali mendapat inspirasi dari tingkah laku Haru. Terlebih lagi, novel misteri yang ia tulis mendapat inspirasi dari tingkah laku sang kucing yang menurutnya memiliki sisi misteri.

Bagaimanakah kisah mereka selanjutnya? dari sinilah kehidupan baru mereka dimulai.