Di masa mendatang yang misterius, terdapat organisme yang berasal dari kristal tanpa gender menghuni bumi, mereka disebut dengan “Houseki” (Kristal).

Terdapat 28 Houseki yang hidup dan mereka memiliki misi untuk melindungi manusia dari serangan makhluk bulan yaitu “Tsukijin”. Para Tsukijin berniat untuk menghancurkan kehidupan dan merubahnya menjadi perhiasan. Para Houseki terbagi antara penyerang dan sebagian dari mereka menjadi petugas medis.

Dari 28 Houseki tersebut terdapat salah satu Houseki termuda yang sangat ingin sekali bertempur dan mebantu teman-temannya yaitu Phosphophyllite, namun sayangnya Phos dilarang oleh Adamantine yang merupakan master dari para Houseki karena tubuhnya yang lemah dan dinilai belum siap untuk bertempur.

Oleh karena itu, saat kondisi sedang rumit Phos diberi misi pertamanya oleh Master untuk membuat Ensiklopedia Alam. Dari sinilah kisah petualangan Phos dimulai.