Serial ini merupakan side story dari anime Puella Magi Madoka Magica. Bercerita mengenai sebuah kota bernama Kamihama dimana ada seorang gadis muda bernama Iroha Tamaki yang harus kekota tersebut. Tujuannya, Iroha ingin mencari adiknya yang hilang bernama Ui. Untuk memudahkan langkahnya dalam pencarian, Iroha memutuskan untuk menjadi seorang gadis penyihir agar ia bisa menyembuhkan sang adik dari penyakit yang ia derita.

Akan tetapi, perjalannya ditaklah berjalan mulus. Ia harus bertarung menghadapi ancaman dari para Witch. Rupanya, di kota tersebut iroha tidaklah sendiri. Sebelumnya sudah ada Homura Akemi yang datang kekota tersebut dengan tujuan sama dengan Iroha. Siapa sangka, Madoka Kaname juga menyusul Kaname ke kota tersebut. Kini, masing-masing gadis penyihir berkumpul untuk mencapai tujuan mereka. Sekarang, mampukah tujuan tersebut mereka capai?