Bercerita tentang seorang gadis bernama Maya Kumashiro, ia kini harus kembali pulang ke Waldstein Academy (Occult Academy) untuk menghadiri pemakaman mantan kepala sekolah yang juga sekaligus ayahnya tersebut, Junichiro Kumashiro.

Ia pun kini harus menggantikan ayahnya untuk mengambil alih posisi disekolah tersebut. Suatu hari, mendadak ia bertemu dengan Fumiaki Uchida, pria yang mengaku sebagai time agent dari masa depan untuk mencegah “Nostradamus Key” yang akan membuat kehancuran dunia di masa mendatang.

Saat Maya mendapat sebuah petunjuk, mungkin saja kematian ayahnya berkaitan dengan Nostradamus Key ini. Dari sinilah cerita Maya dan Uchida untuk memecahkan misteri tersebut dimulai.