Shingeki no Bahamut: Virgin Soul merupakan kelanjutan dari Shingeki no Bahamut: Genesis (mungkin bisa disebut season 2 dari anime Shingeki no Bahamut). Namun kali ini tidak bercerita tentang Favaro, melainkan seorang gadis bernama Nina Drango.

Sepuluh tahun sejak insiden bangkitnya bahamut yang kemudian tersegel kembali berkat bantuan Dewa, Iblis, dan Manusia. Sekarang, kaum manusia telah menjadi makmur, mereka yang tinggal di Anatae telah hidup dengan mewah. Umat manusia juga menjadi semakin kuat, semua tak lain adalah berkat raja baru mereka yakni Charioce XVII.

Charioce XVII merupakan raja yang kuat, ia mencuri kekuatan para dewa kemudian membentuk pasukan khusus hingga mengeksploitasi para iblis dan memperjualbelikan mereka menjadi budak. Hal tersebut membuat rasa kebencian terhadap umat manusia meningkat dan menimbulkan pemberontakan.

Nina merupakan seorang gadis pemburu yang ceria, berniat ke ibukota untuk mencari kerja, namun dalam perjalanannya ia bertemu dengan Lucifer yang berniat untuk merencanakan pemberontakan besar, Nina pun terseret dalam masalah baru.

Bagaimanakah kisah selanjutnya? apa keseimbanagan antara Dewa, Iblis, dan Manusia akan hancur selamanya?